В разделе статистики awstat вместо домена, для которого должна быть статистика, ошибка:
"There are no domains which have awstats stats to display."
В разделе "Choose Log Programs" awstat выбрана как программа для обработки логов.
В конфигурации WHM указано, что обработка статистики для этого пользователя разрешена.
Как все решилось - запустил скрипт обработки логов для пользователя, и нужный домен появился в списке доменов для просчета статистики.
/scripts/runweblogs <пользователь>
Вторая проблема - на VPS перестала работать сипанель и все ее сервисы, даже Apache просто не запускается.
При попытке зайти в WHM ошибка:
"more than 400 attempts to create a session failed"
Как оказалось - в конфигах VPS было указано обычное количество inode. Но пользователь загрузил на сервер огромное количество файлов и переполнили квоту по айнодам.