The package lists or status file could not be parsed or opened

: Error occured while processing python-module-TurboGears (NewVersion1)
E: Problem with MergeList
/var/lib/apt/lists/mirror.yandex.ru_altlinux_Sisyphus_noarch_base_pkglist.classic
E: The package lists or status file could not be parsed or opened.

РЕШЕНИЕ:Поставить адекватные репозитории для своего бранча.

> Это просто западня какая-то. Каковы причины такого поведения? Какие пути
> решения существуют?

Западню Вы делаете сами дважды - 1) подключая сизиф: 2) пытаясь что-то
точечно поставить оттуда на систему 4.0.
Причем п.2 и есть ответ на Ваш второй вопрос. Решения пути - либо
использовать бранч своего дистрибутива, либо поискать и почитать
информацию как переехать с дистрибутива на сизиф.